A missão do Cluster Agro-Industrial passa por promover a colaboração e cooperação entre empresas e entidades relacionadas com o sector agro-industrial, encorajando a reestruturação competitiva do sector e assegurando uma ampla participação nos circuitos comerciais, nacionais e internacionais, nomeadamente através da:

• Promoção de um rede cooperativa pró-activa transnacional, incluindo os actores do sector Agro-Industrial;
• Criação de laços de uma cooperação entre multi-actores de várias áreas de actividade chave que se associam às necessidades das empresas do sector Agro-Industrial;
• Promoção da criação de projectos conjuntos e inovadores entre os actores envolvidos, nomeadamente projectos estruturantes de grande dimensão – Projectos Âncora;
• Criação de uma filosofia de partilha de recursos materiais e imateriais e infraestruturas entre as várias instituições para a difusão e endogeneização de conhecimento;
• Facilitação ao acesso à informação e disseminação cruzada para as empresas do sector;
• Prospecção e apresentação das preferências e necessidades dos consumidores;
• Identificação de novas competências que permitam trazer valor acrescentado para o sector;
• Identificação das necessidades de formação, assim como antecipação às tendências futuras da economia pós-moderna.